Mediante un decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación, el Poder Ejecutivo Federal declaró como área natural protegida a la zona de Peña Colorada en los municipio de El Marqués y Querétaro.
El decreto reconoce que «la conservación de Peña Colorada es primordial para el estado de Querétaro, ya que al encontrarse inmersa en la mancha urbana de los municipios de Querétaro y El Marqués, provee importantes servicios ambientales como captura de bióxido de carbono, generación de oxígeno, infiltración de agua para la recarga de acuíferos, preservación y control de la erosión del suelo y regulación del clima local».
Asimismo, indica que la zona posee una amplia diversidad biológica, que aunada a sus condiciones físicas y climatológicas, conforma una zona de relevancia ecológica donde se han registrado alrededor de 250 especies vegetales y más de 170 especies de fauna, de las cuales 10 se enlistan en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010, «Protección ambiental-Especies nativas de México de flora y fauna silvestres-Categorías de riesgo y especificaciones para su inclusión, exclusión o cambio-Lista de especies en riesgo».
Corría el mes de noviembre de 2001 cuando el gobierno municipal encabezado por Rolando García Ortiz emitió una declaratoria como área natural protegida para la zona de cañadas, con selva baja caducifolia, denominada Peña Colorada.
El decreto fue impugnado por propietarios de la zona al poco tiempo. La resolución judicial favoreció a los propietarios.
En los años siguientes, la declaratoria de área natural protegida fue una demanda de ambientalistas y un pendiente de diversos gobiernos.
Los activistas acusaron una y otra vez que sobre Peña Colorada había intereses de desarrolladoras inmobiliarias que ponían en riesgo la integridad de la masa forestal.
