Luego de las delaciones mediante las que se descubrió la conspiración de Querétaro, que fueron las del capitán Joaquín Arias, el 10 de septiembre; la de don Mariano Galván en la misma fecha y la del doctor Manuel Mariano Iturriaga de Alzaga y finalmente la de Francisco Araujo ocurrida en la primera quincena de septiembre.
En ellas, además de consignar los nombres de varios implicados, se decía que había acopio de armas en diferentes domicilios. Condujeron a los cateos de las casas del sargento retirado Vicente Figueroa y a la tienda de los hermanos Epigmenio Emeterio González,
El alcalde Juan Ochoa informó el 11 de septiembre al virrey a varios conspiradores, entre ellos Araujo y mencionó también que poseía lanzas, armas y cartuchos.
La situación fue puesta en conocimiento del corregidor Miguel Domínguez Trujillo. Sabía que debía proceder como lo indicaba la naturaleza de su cargo, sin embargo, pensaba en su conciencia la amistad con varios.
Pasadas las 10:00 de la noche conversó brevemente con su esposa, doña Josefa Ortiz, diciéndole que habían sido denunciados y que debía proceder contra sus amigos, principalmente porque de otra forma él mismo y su familia estarían perdidos.
Bien conocía su esposa y se había de su carácter decidido, por lo que al salir cerró el zaguán de las casas reales, en donde habitaban y se llevó la llave con lo que consideró subsanado ese riesgo.
Acudió a la casa habitación del escribano Fernando Domínguez, pretendiendo no tener idea de cómo proceder y obtener su consejo, por lo que acudieron con el comandante Ignacio García Rebollo, quien resolvió tomar 40 hombres de la guarnición llevar a cabo cateos, por lo que este último acudió a la casa de Figueroa con 20 hombres y dejó los otros 20 para apoyar al corregidor al mando del sargento mayor de dicho regimiento.
En el primer cateo no encontraron nada y en el segundo, luego de que el escribano insistió en revisar toda la casa y, sobre todo, descubrir una puerta disimulada con algunas mercancías, que conducía a un aposento pequeño, parte de la trastienda, encontraron suficiente material que les pareció suficiente para proceder a la aprehensión de los que habitaban ese lugar.
Según un documento firmado por ambos: licenciado Miguel Domínguez y comandante Ignacio García Rebollo, encontraron “… dos escopetas cargadas y una lanza, y en la sala otra escopeta cargada, porción de cartuchos embalados, balas sueltas, un poco de polvo en una batea, los palos o moldes para hacer los cartuchos y dos espadas”.
En consecuencia, fueron detenidos los hermanos Epigmenio y Emeterio González Flores y el cajero, además, en calidad de detenidas, tres mujeres, una de ellas era la esposa del cajero y las otras sirvientas, de las que una era de edad considerable y estaba ciega.
A tomar las declaraciones, Epigmenio dijo que las armas y cartuchos eran para hacer un donativo al gobierno en caso de que entrase los enemigos en nuestro virreinato, en tanto que su hermano, Emeterio, dijo que el material era para tirar al blanco.
Evidentemente cayeron en contradicciones por lo cual fueron trasladados al cuartel de la Alameda.
Ésa noche se encontraba el alcaide de la prisión, Ignacio Pérez Álvarez, en su habitación, que colinda con la habitación del corregidor y su esposa.
Doña Josefa, resuelta a que no se perdiera la causa por la que habían hecho ya preparativos luego de ponerse de acuerdo durante varias sesiones conspirativas, golpeó la pared intermedia con lo que llamó la atención del alcaide.
Éste déficit es mucho bajó las escaleras y salió por la puerta de la cárcel y miró hacia el balcón del aposento. Doña Josefa hizo señas de que acudiera al zaguán. Rápidamente se dirigió a él y a través del ojo de la cerradura, llena de consternación, informó a Pérez de lo que estaba sucediendo, urgiéndole porque pusieron en conocimiento del capitán Allende y del cura Hidalgo.
Dejemos nuestra narración en este punto, en que Pérez, atribulado, dar los primeros pasos para cumplir la orden recibida.